Στο Τμήμα Ναυτιλίας και Επιχειρηματικών Υπηρεσιών λειτουργεί επί πολλά έτη πρόγραμμα διδακτορικών σπουδών, το οποίο κάνει δεκτούς αποφοίτους Μεταπτυχιακού Διπλώματος στη Διοίκηση Επιχειρήσεων, τις Οικονομικές Σπουδές και τις Επιστήμες Μηχανικών. Η ελάχιστη διάρκεια του διδακτορικού προγράμματος είναι έξι (6) εξάμηνα (4 εξάμηνα για τους αποφοίτους του ΝΑ.Μ.Ε. μόνο). Το πρόγραμμα περιλαμβάνει εκπόνηση διδακτορικής διατριβής και παρακολούθηση μεταπτυχιακών μαθημάτων.
Επίσης προσφέρεται :
Κοινό Ευρωπαϊκό Διδακτορικό Πρόγραμμα Σπουδών (European PhD program) του Τμήματος Ναυτιλίας και Επιχειρηματικών Υπηρεσιών στο πλαίσιο συνεργασίας με το Πανεπιστημιακό Δίκτυο TRANSPORTNET. Σκοπός του κοινού Ευρωπαϊκού Διδακτορικού Προγράμματος Σπουδών από το δίκτυο TRANSPORTNET είναι η αξιοποίηση των ωφελειών από τη στενή ερευνητική και διδακτική συνεργασία των μελών του σε επίπεδο χορηγίας του ανώτατου πανεπιστημιακού διπλώματος.
