Στο Τμήμα Ναυτιλίας και Επιχειρηματικών Υπηρεσιών, η υλοποίηση προγραμμάτων (ερευνητικών, επιμορφωτικών, μελετητικών, αναπτυξιακών) ξεκίνησε αμέσως μετά την ίδρυσή του και παράλληλα με την εκπαιδευτική διαδικασία. Από το 2007 ως σήμερα έχουν εκπονηθεί προγράμματα σε διάφορες δράσεις και πλαίσια χρηματοδότησης, όπως τα Jean Monnet, Τransportnet, Go-Digital, FP7, Horizon2020 κά.
Tο τμήμα έχει θεσμοθετήσει Εργαστήρια τα οποία ασχολούνται με ερευνητικά θέματα που αφορούν τις επιστήμες της Ναυτιλίας, των Μεταφορών και του Διεθνούς Εμπορίου. Συγκεκριμένα, τα ακόλουθα:
- Εργαστήριο Διοίκησης Ναυτιλιακών και Λιμενικών Επιχειρήσεων
- Εργαστήριο Πληροφορικής και Νέων Τεχνολογιών στη Ναυτιλία, τις Μεταφορές και τη Νησιωτική Ανάπτυξη
- Εργαστήριο Γεωγραφικών Συστημάτων Πληροφοριών, Γεωοικονομίας και Γεωπολιτικής
- Εργαστήριο Μεταφορών και Λήψης Αποφάσεων
- Εργαστήριο Εφαρμοσμένης Οικονομικής & Χρηματοοικονομικής
Το τμήμα συμμετέχει ενεργά στην προώθηση της έρευνας στο σύνθετο χώρο των Ναυτιλίας, των Μεταφορών και του Εμπορίου, διοργανώνοντας διεθνή επιστημονικά συνέδρια, ενώ τα μέλη του έχουν πληθώρα δημοσιεύσεων σε διεθνή επιστημονικά περιοδικά και συνέδρια.
