Το Τμήμα Ναυτιλίας και Επιχειρηματικών Υπηρεσιών ιδρύθηκε το 1998. Η λειτουργία του Τμήματος Ναυτιλίας και Επιχειρηματικών Υπηρεσιών στη Χίο υποστηρίζει και εμπλουτίζει την αποστολή και ρόλο του Πανεπιστημίου Αιγαίου, εμφορούμενο από την εξέχουσα ναυτιλιακή παράδοση της Χίου, και τον οικονομικό και γεωπολιτικό χαρακτήρα της περιφέρειας του Βόρειου Αιγαίου.
Η αποστολή του Τμήματος αφορά σε τρεις θεμελιώδεις συνιστώσες:
1.
Υψηλής ποιότητας εκπαίδευση στη Διοικητική Επιστήμη, εξειδικεύοντας στη Ναυτιλία, τις Μεταφορές και το Διεθνές Εμπόριο
2.
Έρευνα στα επιστημονικά και τεχνολογικά πεδία που καθορίζουν το μέλλον της Ναυτιλίας και των Μεταφορών
3.
Διάχυση γνώσης και ενεργή αλληλεπίδραση με τον επιχειρηματικό κόσμο, με ερευνητικές και εκπαιδευτικές συνεργασίες με επιχειρήσεις, οργανισμούς και θεσμικούς φορείς
Η πρώτη συνιστώσα υλοποιείται μέσω του προπτυχιακού προγράμματος σπουδών, και των μεταπτυχιακών προγραμμάτων σπουδών.
Η δεύτερη συνιστώσα υλοποιείται πρωτίστως με ερευνητικά προγράμματα που συνεχώς επικαιροποιούν και προωθούν τη γνώση και προάγουν την διοικητική πρακτική της ναυτιλίας.
Η τρίτη συνιστώσα αποτελεί αναπόσπαστο μέρος του προγράμματος σπουδών και υλοποιείται κυρίως μέσα από τις δραστηριότητες της Επιτροπής Σύνδεσης με τις Επιχειρήσεις, το πρόγραμμα Πρακτικής Άσκησης που λειτουργεί από το 1999, τα μαθήματα επιχειρηματικότητας του προγράμματος σπουδών, τις τακτικές διαλέξεις στελεχών, τις οργανωμένες επισκέψεις σε επιχειρήσεις και πλήθος άλλων δραστηριοτήτων.