Το Τμήμα Ναυτιλίας και Επιχειρηματικών Υπηρεσιών ιδρύθηκε το 1998. Η ίδρυση του Τμήματος Ναυτιλίας και Επιχειρηματικών Υπηρεσιών στη Χίο είναι σύμφωνη με τους αρχικούς στόχους που τέθηκαν κατά την ίδρυση του Πανεπιστημίου Αιγαίου, τον οικονομικό χαρακτήρα της περιφέρειας του Αιγαίου, αλλά και τη ναυτική παράδοση της Χίου.

Ο θεματικός χώρος που καταλαμβάνει το γνωστικό αντικείμενο του Τ.Ν.Ε.Υ. συνδυάζει τη διοίκηση και οργάνωση επιχειρήσεων με τη ναυτιλία, τις μεταφορές και το διεθνές εμπόριο, γνωστικές ενότητες αλληλένδετες μεταξύ τους αλλά και συνδυασμένες με την Ελληνική παράδοση, με σύγχρονες τοπικές, εθνικές και διεθνείς διαστάσεις.

Το Τ.Ν.Ε.Υ. προσφέρει προπτυχιακές σπουδές, ένα Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Σπουδών και δυνατότητα για απόκτηση Διδακτορικού Διπλώματος.